虽然苹果尚未宣布iPhone 6S和iPhone 6S Plus提升了防水能力，但是，苹果已经在这2款新产品当中，悄悄地增加一个新的周边密封垫，围绕3D触摸Retina显示屏，以及新的硅胶密封电缆连接器，大大提高了设备在水中的生存能力。苹果重新设计了iPhone 6S和iPhone 6S Plus显示屏，以适应新的垫片框架。
iFixit发现在为了适应这种垫片，苹果公司让手机厚度比其前任厚了0.3毫米，0.3毫米可能看起来不多，但足以用肉眼看到，为了防水，手机内部其他零组件必须巧妙地调整，以匹配防水功能。毫无疑问，苹果在这方面进行了心思缜密的设计。
进一步挖掘之后，iFixit发现， 6S和iPhone 6S Plus逻辑板每一种电缆是由一个小硅胶密封包围，保护一些接触到水时最可能挂掉的零组件，包括电池，显示器，雷电端口和按钮等部件。
苹果已经为此申请了专利，今年早些时候AppleInsider网站详细介绍苹果公司使用硅胶密封保护焊引线，连接器和柔性电缆的专利。之前曝光的视频显示，无论是iPhone 6S或者iPhone 6S Plus置于浅碗水中一小时之后，这两款手机取出之后还能正常工作。
虽然躲过了浅水测试，在更深的水淹没之后，iPhone 6S和iPhone 6S Plus没能幸存下来，这可能有助于解释为什么苹果公司还没有吹嘘iPhone 6S和iPhone 6S Plus的防水能力。最近的一个传言显示，，苹果计划进一步提升iPhone 防水设计，据说苹果正在酝酿一个更加坚固耐用的三防手机，计划在2016年推出。